dcm2bids
相关链接
仓库
https://github.com/UNFmontreal/Dcm2Bids/
文档
https://unfmontreal.github.io/Dcm2Bids/
引用
APA
Boré, A., Guay, S., Bedetti, C., Meisler, S., & GuenTher, N. (2023). Dcm2Bids (Version 3.1.1) [Computer software]. https://doi.org/10.5281/zenodo.8436509
BibTeX
@software{Bore_Dcm2Bids_2023,
author = {Boré, Arnaud and Guay, Samuel and Bedetti, Christophe and Meisler, Steven and GuenTher, Nick},
doi = {10.5281/zenodo.8436509},
month = aug,
title = {{Dcm2Bids}},
url = {https://github.com/UNFmontreal/Dcm2Bids},
version = {3.1.1},
year = {2023}使用方法
安装
使用 pipx ：
pipx install dcm2bids将 dcm2niix 加入环境变量。dcm2niix 的 release 页面
创建配置文件
配置文件示例（来自官方文档）：
{
"descriptions": [
{
"datatype": "anat",
"suffix": "T2w",
"criteria": {
"SeriesDescription": "*T2*",
"EchoTime": 0.1
},
"sidecar_changes": {
"ProtocolName": "T2"
}
},
{
"id": "task_rest",
"datatype": "func",
"suffix": "bold",
"custom_entities": "task-rest",
"criteria": {
"ProtocolName": "func_task-*",
"ImageType": ["ORIG*", "PRIMARY", "M", "MB", "ND", "MOSAIC"]
}
},
{
"datatype": "fmap",
"suffix": "fmap",
"criteria": {
"ProtocolName": "*field_mapping*"
},
"sidecar_changes": {
"IntendedFor": "task_rest"
}
},
{
"id": "id_task_learning",
"datatype": "func",
"suffix": "bold",
"custom_entities": "task-learning",
"criteria": {
"SeriesDescription": "bold_task-learning"
},
"sidecar_changes": {
"TaskName": "learning"
}
},
{
"datatype": "fmap",
"suffix": "epi",
"criteria": {
"SeriesDescription": "fmap_task-learning"
},
"sidecar_changes": {
"TaskName": "learning",
"IntendedFor": "id_task_learning"
}
}
]
}最小可用配置文件示例：
{
"descriptions": [
{
"datatype": "dwi",
"suffix": "dwi",
"criteria": {
"SeriesDescription": "epi_dti*"
}
},
{
"datatype": "anat",
"suffix": "t1w",
"criteria": {
"SeriesDescription": "t1*"
}
}
]
}datatype 可选 func（任务态和静息态 fMRI）, dwi（弥散加权成像）, anat（结构像）与 fmap（场图）等，参见 BIDS 文档 中的 Data type 部分。
suffix 可选 T1w，T2w，dwi 与 bold 等，可能与 datatype 相同但不应混淆。参见 BIDS 文档 中的 Modality 部分。
criteria 中填写 dcm2niix 生成的 .json 文件中可以用于区分不同数据的字段，支持正则表达式。
custom_entities 中填写文件名中需要添加的补充信息，如 run-<index>（标识重复扫描）、task-<label>（标识任务，BIDS 中 rest 也属于一种任务）、dir-<label>（标识相位编码方向）与 acq-<label>（自定义标识），参见 BIDS 文档。如需添加多个补充信息，则将其按一定顺序使用 _ 相连，如 dir-<label>_run-<index>。若顺序有误，dcm2bids 会自动调整。
sidecar_changes 中填写需要加入到 .json 文件中的内容，如 IntendedFor（用来标识场图用于某份图像的校正，以便于自动化程序识别）等。
id 字段用来在 dcm2bids 中进行标识，如在 IntendedFor 字段中可以直接使用其他数据的 id 字段，dcm2bids 在将 IntendedFor 字段插入 .json 文件时会自动转换为对应数据的路径。
命令行
对于被试 HC001，使用命令行
dcm2bids -d /path/to/HC001 -p HC001 -c /path/to/config.json -o /path/to/output_dir输出结果位于 /path/to/output_dir/sub-HC001。若目录 /path/to/output_dir 不存在，dcm2bids 会自动创建文件夹。dcm2bids 会在输出目录下创建 tmp_dcm2bids 文件夹，其中包含按 config.json 中的规则未能匹配的数据。
相关补充
场图
参见 BIDS 文档。
场图有 4 种形式：
- 相位差图像和至少一张幅值图像
- 两张相位图像和两张幅值图像
- 一张场图与一张幅值图像
- 用于 FSL TOPUP 等工具的具有不同相位编码方向的自旋回波 EPI 扫描
当存在两张幅值图像时，_magnitude1 图像对应较短的回波时间，_magnitude2 图像对应较长的回波时间。
芷沐沐